'université d'Orléans fait naître des industries nouvelles : des papeteries à Meung-sur-Loire, des imprimeries à Orléans, Tours, Angers. La vie dans les pays de Loire devient propice au développement des arts et des lettres. L'initiation aux langues anciennes, fait capital de notre renaissance qui fera reculer l'obscurantisme antérieur, sera d'abord l'œuvre de maîtres étrangers qui viendront enseigner ici.

L'université attire l'élite intellectuelle des humanistes et théologiens du XVIe siècle. L'un de ses étudiants, Calvin, aura peu d'efforts à faire pour donner essor à la nouvelle doctrine réformatrice, dans une ville déjà imprégnée d'humanisme et de luthéranisme.

Pour y faire obstacle, le haut clergé catholique, composé de prélats ou d'abbés courtisans ou politiques, ne sera pas de taille. D'autant plus que nombre de curés de campagnes de la région adoptent très vite les idées nouvelles et entraînent avec eux leurs ouailles... Diffusée par des prédicateurs venus le plus souvent de Genève, la foi nouvelle se répand partout : en Val, en Sologne, en Beauce, dans tous les milieux ; paysans, tanneurs, orfèvres, juristes, tisserands, médecins, noblesse.

Les Châtillon-Coligny, les ducs de Chartres, et les Bourbon-Vendôme, amis de Calvin, d'Agrippa d'Aubigné, de Marot, donneront à ce mouvement sa force politique, ses cadres et ses foyers de propagation. Très vite, il y a tellement de protestants dans la région qu'il est possible de les regrouper en églises confiées à des pasteurs. On voit les premières à Orléans, Blois, Chartres, Pithiviers, Montargis, Gien. Elles font tache d'huile.

Déjà, les premières frictions et violences se multiplient. L'horizon s'obscurcit pour le ciel de Loire. A partir de 1545, les émeutes se font violentes contre les calvinistes, prédicateurs ou briseurs d'images, parfois massacreurs de curés, et la violence répond à la violence.

En 1560, alors que se prépare la sanglante échauffourée d'Amboise, François de Lorraine (Duc de Guise, branche cadette de la maison de Lorraine) accuse Orléans d'être au cœur de la faction. Comme au siècle précédent, la Loire va être une ligne de front entre les deux communautés. C'est la guerre civile... Pire, une guerre de religions !

Le 2 avril 1560, les huguenots s'emparent d'Orléans, puis de l'arsenal et du château de Tours. Le 5 avril, ils pénètrent dans le val à Saumur, Beaugency, Angers, Tours. Ils pillent et incendient, sur leur passage, églises et maisons. Orléans, aux mains des huguenots dès le début des incidents, se voit de nouveau assiégée, mais cette fois par d'autres français, les catholiques de la "Ligue", conduits par le duc de Guise, qui sera assassiné sur les rives du Loiret, près du bourg de Saint-Mesmin.

Un peu plus tard, en 1568, c'est au tour de Blois de tomber aux mains des réformés conduits par Condé. C'est l'année des grandes fureurs iconoclastes et nombre d'églises sont détruites, à la mine.

Quelques années plus tard encore, les rapports de force ont changé et en 1572, les massacres de la Saint-Barthélémy feront à Orléans près de mille victimes huguenotes.

Devant une telle horreur et sous le couvert d'une relative tolérance nécessaire, le gouvernement du roi Henri III va mettre en œuvre une politique subtile de sape systématique des bastions protestants.

Le roi tient Chartres, Blois, Beaugency, Gien, et il laisse à Henri de Guise (fils de François de Lorraine, premier duc de Guise assassiné) le soin de chasser les bandes de réformés étrangers qui sont venues soutenir les insurgés locaux.

La Ligue (mouvement catholique ultra) triomphe à Orléans, Vendôme, Montargis. Fondée en 1576 pour défendre la religion catholique face au calvinisme, elle vise, par contrecoup, à renverser Henri III pour placer les Guise sur le trône de France.

Mais la reine-mère veille. La Médicis a des espions partout et manœuvre en coulisse.
On accusera Henri de Guise d'avoir poussé la reine Marie de Médicis à organiser les massacres de la Saint-Barthélémy. S'en défendant, il se dressera contre Henri III et, de nouveau, un duc de Guise sera assassiné par traîtrise, cette fois dans le château de Blois, de multiples coups de dagues et sur l'ordre du roi en 1588.
Henri de Guise était un homme de haute stature, politiquement mais aussi physiquement. Le roi voyant le corps de sa victime allongé dira de lui : « Il est encore plus grand mort que vivant ! »

C'est un temps où l'on a la dague facile. Le roi pourra le vérifier lui-même quelques mois plus tard à Saint-Cloud en succombant à son tour sous les coups du moine dominicain Jacques Clément.